Als das Rennen gegen die Zeit, ein Medikament zu finden für COVID-19 setzt das Experten-team ist mit einem supercomputing-Plattform zur Bekämpfung der aktuellen Ausbruch und effizient Zähler künftige Pandemien. Im Kern dieser Bemühungen ist die Exscalate (EXaSCale smArt-Plattform Gegen Krankheitserreger) supercomputing-Plattform, die ein Ergebnis des von der EU geförderten ANTAREX Projekt. Die Plattform „nutzt eine“ Chemische Bibliothek “ von 500 Milliarden Moleküle, Dank einer Verarbeitungskapazität von mehr als 3 Millionen Moleküle pro Sekunde,“ wie bereits in einer Pressemitteilung.
Die Exscalate4CoV (E4C) öffentlich-privates Konsortium wird koordiniert von ANTAREX Projektpartner Dompé Farmaceutici. Der gleichen Pressemitteilung heißt es: „Ziel Der E4C ist eine doppelte, identifizieren Moleküle der Lage, die Ausrichtung der coronavirus (2019-nCoV) und ein tool entwickeln, wirksam für die Bekämpfung von zukünftigen Pandemien zu Konzern im Laufe der Zeit.“ Die E4C die HPC-Plattform bauen 3-D-Molekül-Strukturen, die von Wissenschaftlern verwendet, um zu imitieren, wie die Erreger-Proteine interagieren mit bestimmten Medikamenten. „Diese Tätigkeit wurde bereits begonnen,“ die Pressemitteilung ergänzt. „Die supercomputing-Komponente des Projekts wird dann genutzt, um das Modell künftige Mutationen des virus. Diese Tätigkeiten zu identifizieren, die Kandidaten-Molekülen (entweder von der Wiederverwendung von Bibliotheken oder aus proprietären oder kommerziellen substanzbibliotheken), die dann zur Verfügung gestellt werden und/oder neu synthetisiert werden getestet. Parallel dazu E4C Partner beginnt die protein-Herstellung für einige der identifizierten Sequenzen.“
Zika-virus und darüber hinaus
Die Exscalate Plattform wird auch zur Verfügung stehen“, um externe Partner, die bereit zur Zusammenarbeit bei der Drogen-Jagd-Training, als zuvor mit dem Zika-virus. Diesen erheblichen Aufwand zu testen, etwa mehr als 25.000 verbindungen wird dafür sorgen, E4C verliert keine aktiven Moleküle als Kandidaten und evaluieren anderen möglichen Mechanismen, die bisher unterschätzt“, so die Pressemitteilung. „Das Projekt wird auch inverse genomische screening zu identifizieren, die host-Faktoren, die im Zusammenhang mit einer virus-Infektion und Konnektivität mapping-Analysen zur Prognose des relevanten host-spezifische verbindungen, die für das testen.“ Die Plattform wird auch als „nachhaltige Ressource für den Notfall Motor für compound Identifizierung eingesetzt werden in alle zukünftigen Pandemie Notfall,“ der Dompé drücken Sie die release notes. Das virtuelle screening-Aktivitäten der Exscalate Plattform wird unterstützt und verstärkt durch drei der leistungsstärksten Rechenzentren in Europa, nämlich CINECA, der Gastgeber der Marconi supercomputer in Barcelona Supercomputing Center und Forschungszentrum Jülich, wie erwähnt, auf die E4C website.